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当初，为尽快攻下夔州府城，杨明临时招募了十万多流民组成临时大军。除此之外，还招降了谭文等部共四五万官军，可以说现在杨明手里的军事力量已经膨胀到了近二十万大军。
但素来奉行精兵简政的杨明可不愿意让只不过仅有两府十三县的领地供养二十万大军，所以在扩编汉家军之前必须先对这二十万大军进行裁撤。
杨明已经让商道行等人做了估算，夔州和绥定两府的田地与人口最多可供给十万同大明官军同样待遇的职业军队，而且这还是在忽略两府田地没有被士绅地主大量兼并的前提下估计的。关键是杨明给予汉家军战士的待遇可比官军要优厚得多，所以养军花费只会比同样数量的官军多不会比他们少，因而杨明只能决定将这二十万大军裁撤到三万人左右。
裁撤后的三万人自然要编入汉家军，且与汉家军原部人马打乱混编。最高编制依旧是营，但由四个营扩充为六个营，原直属宪兵大队升级为宪兵营，除此之外，还添加了一个新五营，且鉴于谭文在夔州攻防战与重庆攻防战中的卓越贡献被任命为新五营的参将，而新五营的佥事则是雷龙。
同新五营一样，汉家军原四营也各自增添了一名佥事。所谓佥事，其实是杨明为加强对各级军队的思想政治与纪律工作而增设的职位，实际上就相当于后世的政委，且杨明也已声明各营佥事与各营参将的品级一样，都是正三品，但佥事主要负责思想教育与政治宣传工作，两者并无统属关系，但佥事有最后决定权。
由于汉家军扩编，每一营的编制人员达到了五千人之多，因而杨明便在标级编制下增设了一司级编制，其中标级编制统属一千人，而司级编制则统属两百人，队级编制则扩充到一百人，伍和什依旧是基本作战单位，统属人员数量不变。
同营级编制要增设一名佥事外，杨明在队以上的编制中也分别增设了一名类似政委职务的职位，其中标级是镇抚，司级是都事，队级是知事。起初，汉家军各级军官们都很不理解自家公子为何要这样做，毕竟谁都知道谋可归于众人，但断必须归于一将的道理，可如今一个指挥系统出现两个首领，到时候在战场上岂不是会乱套。
但当杨明选用的佥事、镇抚等军官大都是汉家讲武堂毕业的汉家村老战士时，众人才回过味来，知道公子这是在加强对汉家军的控制力。虽然，新五营参将谭文等新派军官知道杨明这是在有意钳制他们，但他们也没有怨言，至少明面上没有，反而心里还更加敬服杨明的高明之举。
汉家军一下子从五千人扩编到三万人，也就意味着又需要提升一大批战士充任基层和中层指挥官。但同上一次一样，杨明在此之前依旧要对这些亟待升级为军官或中高层军官的战士进行系统培训，培训基地依旧是汉家讲武堂，但时间有所延长，需要接受培训的学员更多。
尽管有许多老战士和优秀军官去了讲武堂，但这并没有对汉家军的新一轮新兵训练产生影响。在第二期学员毕业之前，杨明就已经开始着手进行第三期学员的招生工作了，第三期学员中大多数是毕业于西林书院和原服务于东乡县军政府参谋部的参谋以及从警卫团中选拔的优秀人才。
第三期学员在入校后的第一件事就是接受由留守张家场的汉家军老战士进行的军事训练，因而这些学员一进入汉家军就很快地对汉家军的新兵开始了训练，且开展的效果很好，再加上依旧是老兵带新兵，且这些新兵多数是从实战中表现优异且经过一定临时训练的战士，因此并不需要训练太长时间。
“待新兵训练结束后，第一营立即接防武宁县、万县、云阳县一带，以防重庆府方向的官军，但并不是让你一味防御，可以自由发挥，伺机歼敌或者尽量攻取一些小城镇或村落，以求蚕食尽官军的地盘并包围他们的重要城池，但不要攻打这些城池，以免引起官军的大规模反扑；
第二营则接防太平县、紫阳县、乾溪县一带，以防北边的马科所部，但尽量不要与他发生冲突，以免引起李自成的警觉，我们现在还不是多面树敌的时候，从某一方面来说，我们和李自成还是同一阵营的，毕竟我们面对的是同一个敌人。
第三营驻防在新宁县、东乡县、通江县一带，以防范保宁府和顺庆府方向的官军，战略方针同第一营一样，小打而不大打；
第四营驻防在大宁、大昌以及奉节县一带并操练水军，以备将来攻取川鄂重镇时用。
新五营负责剿灭两府境内的土匪顽寇，务必在两月内剿灭，宪兵营则分驻两座府城和东乡县，作为总预备队使用。
另外，第一营和新五营暂时由相应的佥事领着，兰官伟和谭文两人另有安排”，杨明刚宣布完军队安排方案，就见兰官伟有些不高兴地“啊”了一声：“不是，公子，你给我们安排什么呀，我想我们两个用不着去学习吧，我在秦巴山区的时候就把你的什么十六字战决背熟了，还有谭将军也是文武双全，知道的不比你少。”
“就是因为你们具有基本的军事素养，我才让你们去帮我培训讲武堂的学员，有意见吗？”杨明说着又好挥手道：“算了，有意见也要保留，讲武堂这么多学员，我事情又多，一时也忙不过来，就这么定了，你和谭文都以司业之职和讲武堂吕浪一起负责讲武堂学员的培训事宜，我会抽空来检查的！”
“您说什么就是什么了，我们自然不敢违背您的命令，只是不知我们要休整多久，为什么不一鼓作气在朝廷发大兵来剿之前多攻下几座要地，以免陷入被动”，兰官伟说道。
“现在我们才占领夔州府全境，根基还未稳就纵兵征伐会吃大亏的，到时候即便占据再多的城池也只是流窜作战的贼寇而已，就会落入张献忠、李自成之流，若胜了还好，若是败了连个退身之地都没有，要想实现长期作战，就必须有能够为自己源源不断提高兵员与粮食的根据地，知道吗？”