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石井四郎是被北野政次从七三一部队挤出去的，对于北野政次的所作所为，石井四郎可谓是恨之入骨，七三一部队遭到了毁灭性的打击不假，损失了大量的人员的物资，最为重要的新开发的几个型号的天花异变病毒等，不过对于梅津美治郎的担忧石井四郎则微微一笑道：“总司令官阁下，参谋长阁下，请两位不必担心，七三一部队虽然全体玉碎，设施也全部被摧毁，但是我们在朝鲜境内还有一处秘密实验所，哪里储存着帝国五支特种给水部队的一切中要资料和文件，包括北野政次在任期间的研究资料，几乎每一季度各个部队都要派出专门人员将资料备份送递朝鲜境内的零号研究所储存，以防万一之用，所以请总司令官阁下与参谋长阁下放心，只要再给我三个月的时间，我一定能够恢复七三一部队的鼎盛，并且完善北野政次在任时期落下的工作进度，这一点请两位放心。|三八文学”
石原莞尔看了梅津美治郎一眼随即道：“石井君你是帝国最为出色的病毒专家，你从七三一部队历任可以说是帝国的巨大损失，北野政次在研究方面确实有不足，但是他的管理能力也不能完全否认，三个月的时间对于帝国来说非常宝贵，我请你珍惜时间，你所需要的人员和物资总军方面当全力配合。”
梅津美治郎听到这里也算是暗自松了口气，现在关于“灭绝”计划的泄密问题大本营的调查组正在海参崴进行调查，除了御前会议的几个为数不多的人之外，关东军方面只有区区五个人知道这个计划，恰好梅津美治郎也是其中之一，身为关东军总司令官还要接受忠诚方面的调查，对于梅津美治郎来说似乎没有比这个更为荒谬了的。|三八文学
北野政次的七三一部队在五六九部队遭遇轰炸之后相继出了问题，并且涉及到了裕仁天皇亲自核准的“灭绝”计划，所以大批的重要岗位的日军军官被调离岗位，接触过电文的甚至要隔离审查。
不过，石井四郎的复出也算间接帮了梅津美治郎一个大忙，起码对天皇陛下和御前会议有了一个交待，如果石井四郎真的能够在三个月之内恢复七三一部队生产病毒用于实战的能力，那么灭绝计划还是能够得到实施的，“灭绝”计划原本的作用就是在大量杀伤敌军民的同时制造感染无人区，为远东的决战争取时间，现在从裕仁天皇到参谋本部、军部都已经是彻底的骑虎难下了，当初发动的远东之战大大的超过了日本的国力承受力，在中国战场陷入泥潭之际发动远东战役，随后又入侵东南亚彻底触动美国利益，似乎疯狂已经到了极致。 抗日之血祭山河864
以至于现在从天皇到参谋本和军部，都将希望寄托在一些非常正规战略战术上，比如超级炸弹计划，据说美国人、德国人都在开发一种超级炸弹，作为最为经济快速的病毒武器，也被大本营视为了扭转战局的秘密武器了，不过身为关东军总司令官的梅津美治郎知道，为了这个该死的“灭绝”计划，关东军作为了重大的牺牲，大量的战略要点核心全部被放弃了，近百万侨民难民和武装开拓团的团民被中国青年军驱赶到了远东，这一切简直就是作茧自缚苦不堪言。
中国青年军的机械化在齐齐哈尔郊区准备了三天还不进攻，每天从齐齐哈尔发往远东的列车上和沿途的铁路、公路两侧都是密密麻麻的难民，大约每天有十余万难民涌入远东，在梅津美治郎看来中国人驱赶日本难民进入远东真是一条一箭双雕的毒计，大批的日本难民进入仍在冰天雪地的远东，自己身为关东军总司令官不去管这些难民显然不行，因为这些难民中百分之八十都是军属和开拓团之流。
管这些人无疑要消耗大量的物资和粮食，现在失去了从朝鲜运输物资的路线，只能够从海参崴运输物资和粮食，原本东北的粮食是向中国战区、东南亚战区、本土、远东战区输送的，现在反而需要本土贴补远东战区，并不存在的中国战区可以不顾了，东南亚盛产粮食，所以大本营只能让南方总军拼命的收刮支援远东，但是现在海运对于日本人来说并不安全了，频频从宁波等沿海出击的中美联合空军部队将至少三分之一的日军运输船送入了海底，这对苦于缺少运输船只的日本人来说无疑是雪上加霜。
梅津美治郎面临一个困境，那就是之前风光无限的关东军总司令官的位置问题，梅津美治郎面临的不是有人跃跃欲试抢位置，而且他以身体不好作为理由辞职未得到东条英机的批准，在裕仁天皇哪里御考也未能通过，具体的原因非常简单，没有人愿意在这个时候出来接任关东军总司令官一职务，因为中国青年军主力全部进入东北三省，日军的主力已经完全退出东北，中国军队的东西两路大军如同两把铁钳一般死死的钳住了关东军的尾巴。
中国军队的重兵徐徐推进的意图非常明显，即为决战，但是此刻的关东军内部分为至少三个派系，石原莞尔虽然刚刚复制，但是其拥有一批铁杆的拥护者，尤其在基础军官之中，其的威信非常之高，在东京坐镇的东条英机则是在师团长中有一大批是他一手提拔起来的所谓自己人，石原莞尔的复出对于东条英机来说是一件相当不愉快的事情，所以东条英机一直在念念不忘的寻找机会。
关东军是一个整体，石原莞尔如果出了问题，身为总司令官的梅津美治郎还能跑得了吗？显然梅津美治郎必须要与石原莞尔同舟共济，但是他又不想得罪东条英机，于是梅津美治郎这位堂堂的关东军总司令官，就成了风箱里的老鼠两头受气。
就连梅津美治郎自己都承认，关东军此刻陷入了困境。