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随着日军的长驱之入，北平、津门、保宏、并州、沪城、金陵等重要城市的沦陷，武汉迟早会成为日军的进攻目标。陈诚于一九三八年一月重回武汉出任卫戍司令开始组织部队部署防御，以郭忤兼任卫戍司令部参谋长。四月十九日，又以第一八五师为基础，编入第五十五师（师长李及兰）合组为第九十四军，担负武汉卫戍任务，以郭忤兼任军长（兼参谋长许士奇），第一八五师师长由方天接任。八月十三日，陈诚重新分配兵力，将武汉防务划分为三个区，江北部署四个师的兵力，江南部署三个师的兵力，又将第四十二师、第九十二师拨给担负武汉城郊防务的郭忤指挥。但当田家镇要塞沦陷后，江北、江南两区兵力又已逐步外调，使得郭忤所部更显孤立。十月十二日，军委会决定放弃武汉，命继任武汉卫戍司令的罗卓英指挥武汉外围作战部队后撤，命郭忤代理卫戍司令，指挥卫戍部队担负掩护任务以及武汉人民的疏散。
根据军委会的指示，郭忤将手头仅有部队（第一八五师五四五旅、
高射炮大队第三连、宪警一部）重新部署，他以第五四五旅一零九零团占领刘家庙、丹水池、椹家矶、岱家山、姑嫂树一线阵地，对江陆两面实施警戒，以第五十五旅一零八五团守备汉口市区，其余部队均集结在江汉路附近待命。十月二十五日，日军第六师团佐野支队向第一零九零团阵地发起猛烈进攻。由于日军炮火猛烈，外围工事悉数被毁，一零九零团坚持到入夜后开始退入市区。时武汉人民皆已疏散完毕，外围部队也都撤往湘北、鄂西地区，郭忤遂于二十六日凌晨命令五四五旅撤往汉阳，继往鄂西方向集结。当天下午，武汉沦陷。
武汉失守后，郭忤任第九十四军军长兼洞庭湖警备司令。一九三九年一月又升兼第三十三集团军（总司令张自忠）副总司令。四月，军委会为防日军沿长江而上威胁陪都重庆，于宜昌成立长江上游江防司令部，升郭忤为江防军总司令（副司令萧之楚、曾以鼎，参谋长杨业孔），指挥第二十六军（兼军长萧之楚）、第七十五军（军长周暑）、
第九十四军（军长郭忤兼，一九四六年一月由李及兰接任）、第一二八师（师长王劲哉）、鄂中游击纵队（司令曹勖）、宜万要塞（指挥官刘翼峰）、渝万要塞（指挥官李端浩）以及海军第二舰队（兼司令曾以鼎）等部约十万余人。江防军归第五战区指挥，其任务是担负宜昌以下长江北岸、襄河以西及宜昌、当阳、江陵各要点的守备任务。一九三九年五月枣宜会战开始后，郭忤的江防军奉命戍守原防，仅派所属第二十六军向沙洋、十里铺、沙市间地区挺进，配合友军作战。在同年十二月的冬季攻势中，郭忤又派所属第七十五军和鄂中游击纵队向钟祥、京山敌后穿插，破坏日军的交通联络线，一度给日军造成混乱。
一九四零年四月，第五战区司令长官李宗仁在获悉日军第十一军有进攻枣阳的企图后，便开始部署兵力以做应对。其中命郭忤的江防军主力依托襄河、东荆河右岸阵地，全力阻击日军渡河，以消耗日军兵力，配合友军在荆州、当阳东南地区与日军决战。对于李宗仁的这个部署，郭忤表示反对，并向李氏陈述了日军有可能进攻宜昌的忧虑。
结果却被李宗仁指责为保存实力，郭忤无奈只得遵照命令将所属部队尽数派出。
五月一日，日军以第三师团、第六师团、第十三师团、第四十等四个师团的兵力发起进攻，遭到〖中〗国军队第二集团军、第二十九集团军、第三十一集团军、第三十三集团军等四个集团军的顽强抵抗。然而李宗仁并没有料到日军的真正目标是宜昌，所以当日军于五月三十一日以第三师团、第十三师团、第三十九三个师团向宜昌方向发起进攻时，郭忤手中根本已无部队可供调用，他只能向重庆告急请求增援。在接到郭忤的告急电后，军委会火速调集第十八军驰援宜昌。六月八日，郭忤带着指挥部撤出宜昌。十二日，第十八军在面对日军三个师团的猛烈进攻下被迫放弃宜昌。此后郭忤虽然在六月十七日指挥第十八军收复该城，但半天未过，日军为达到确保宜昌威胁重庆、彻底切断湘鄂间交通的目的，又命第十三师团发起反攻，宜昌再次沦陷。
宜昌的失守震动了重庆各界，一时间人心惶惶。当局至此才开始重视起该方向的防御部署，同时为追究失守的责任，于一九四零年九月一日新任第六战区司令长官陈诚在恩施召开检讨会议的时候，命陈氏将郭逮捕并押往重庆接受军法审判。郭忤被处以五年有期徒刑，在北碚军人监狱服刑。
由于宜昌失守的责任主要在于第五战区长官部的判断失误临调部队时郭又曾经提出过反对意见，所以当时许多人都认为郭忤是代人受过。半年后第六战区司令长官陈诚在前往重庆觐见蒋中正时力保郭忤。经蒋批复，准“郭忤于第六战区长官部服务，发少校薪”作为一名堂堂国军的高级将领，不能佩带军衔，拿的又是少校薪给，一时间被长官部的人戏称为“当代年羹尧”郭忤抵达恩施长官部时，战区参谋长施北衡正好调任第七十五军军长，陈诚便命郭代理参谋长之职。此后，郭忤于一九四一年九月、一九四二年五月两次辅佐陈诚组织部队反攻宜昌，但由于日军防备严密，始终没能收复宜昌。军事委员会见宜昌始终不能收复，便决定改攻为守，利用山区的有利地形构筑坚固工事，与日军相持。
一九四三年二月，陈诚调兼〖中〗国远征军司令长官，前往云南楚雄就职，所留第六战区司令长官一职暂由孙连仲代理。由于孙氏出身西北军，而六战区部队多为〖中〗央嫡系，所以战区内的一切事务，孙皆委托郭忤处理。同年五月鄂西会战爆发前，孙连仲曾召集幕僚商讨保卫重心的问题。其中有人主张要保卫长江以南的洞庭区谷仓而郭忤则主张防守长江上游据点。郭的主张在得到了紧急返回六战区指挥作战的陈诚支持后，便根据敌情制订了“凭借长江、山地等有利地形和依托坚固的既设工事阵地实施守势作战、，的作战方针，有效的击退了进攻的日军，尤其是第十一师成功坚守石牌要塞是会战取胜的关键一战。
五月三十一日，日军第十一军司令部下令作战部队陆续后撤。这一情况被六战区长官部及时掌握，郭忤又立即部署了追击作战的任务分配，并于六月一日拂晓起发动全线追击。日军疲惫不堪，且根据以往经验认为〖中〗国军队战力不济追击迟缓，不会给自己造成重大损失。未料国军此次行动迅速，给日军一个措手不及，结果负责断后的第十三师团一零四联队第二大队被包围于磨市第十三师团六十五联队和第三十九师团二三三联队被包围于宜都。第十一军司令部急忙命令第十三师团主力以及独立第事情旅团回援，中日两国军队再次发生激战，一直持续到六月九日日军再次组织撤退。鄂西会战结束后参战官兵皆获勋赏，其中郭忤被晋授二等宝鼎勋章，并正式恢复中将官位、实任战区参谋长之职。
一九四三年九月，第六战区当面之日军再次频繁活动，郭忤同孙连仲皆判断日军有可能会发动进攻，于是根据国军在鄂西会战的取胜经验，制订了“一线兵团利用有利地形以逐次抵抗消耗敌人，最后吸引日军于澧水、沅江之间待增援部队到达后，依常德守军之抑留与外线兵团协同，向心攻击，将日军压迫于洞庭湖畔而歼灭”的作战方针。
郭忤寄希望于常德守军第五十七师能再显第十一师坚守石牌要塞的战绩，聚歼进攻的日军。
十一月二日日军集中五个师团的兵力发起进攻，次日凌晨突破〖中〗国军队的防线。此后国军各部依照战区制订的作战计划逐次抵抗后撤。十一月二十三日，日军第一一六师团兵临常德城下，并发起进攻。守军第五十七师经过十二天的顽强奋战，全师八千余人在战至不到百人的情况下才突围而出，最大限度的尽到了固守常德吸引、抑留日军的责任。十二月十一日，日军开始后撤，郭忤立即建议孙连仲发起追击。但当日军开始撤退时华中派遣军又在两天后改变主意决定再取常德，于是命令第十一军停止撤退依靠澧水沿线布防准备再次组织进攻。此时国军也追击至澧水，由于日军防守严密，追击部队皆无较大进展，郭忤便建议停止进攻，双方呈对峙态势。十九日，日军第十一军再次接到了撤退的命令，于是在二十二日以第十三师团断后继续撤退。国军再次实施追击作战，至二十五日将会战开始后丢失的城镇全数收复，恢复了战前态势。战后，郭忤因在会战期间出谋划策有功，于一九四四年八月三日获颁青天白日勋章，是为该勋章的第一百一十三位获得者。
一九四四年一月五日，陈诚正式辞去战区长官一职，以孙连仲接任司令长官，郭忤升任副司令长官，仍兼参谋长。从这时起，第六战区辖境内再未同日军有过大规模作战。一九四五年五月二十一日，郭忤当选国民党〖中〗央执行委员。六月二十六日，孙连仲调任第十一战区司令长官，遗缺由孙蔚如接任，郭忤虽然仍任原职，但孙氏之升任战区长官实为〖中〗央解除其兵权所给之虚职，第六战区的军务已由郭忤正式接掌。
〖日〗本宣布无条件投降后，郭忤命第十集团军为先头部队进驻武汉九月十八日，华中地区的受降仪式在汉口市中山公园中山纪念堂隆重举行。战区长官孙蔚如端坐堂内正中，战区副长官郭忤、湖北省〖主〗席王东原、省党部主委邵华、汉口市长徐会之等党政军代表八十八人分坐两旁。随后日军华中派遣军司令官冈部直三郎等高级军官在国军士兵的押送下乘汽车至会场门前，下车摘下佩刀，并脱帽低头进入受降堂，将降书递交于孙蔚如，在签字后低头退出，受降仪式至此结束。九月十九日，郭忤奉命兼任武汉警备总司令（副总司令彭善，参谋长吴光朝），其警备区域为蒲圻、咸宁贺胜桥，沿粱子湖南岸、东岸和炭门湖南岸，再经鄂城、黄冈、团风镇、下店、黄*、孝感、汉川、
新滩口、嘉鱼、蒲圻的广大区域，警备部队则由第十八军（军长胡琏）
来担负。郭忤到职后即着手将伪军集中缴械，下级官佐发给旅费遣散，士兵择优补充部队，高级军官则给予优待，如伪第十四军军长部平凡送军官总队学习，部分高官如伪武汉绥靖公署主任叶蓬、第十二军军长李宝琏则逮捕法办。同年十月十日，郭忤获颁胜利勋章。十二月二十日又获颁忠勤勋章。
一九四六年四月十日，郭忤调任武汉行营（主任程潜）副主任兼参谋长。期间曾与新四军李先念部协商过停战事宜。五月三十一日，国民政府根据美国军事顾问的建议成立国防部，郭忤调任参谋本部（总长陈诚）参谋次长，主管人事。郭忤主要负责指导第三厅（厅长张秉钧，办公室主任宋达，总务组组长涂叙五，第一处处长许朗轩，第二处处长李树正）和第四厅（代厅长杨业孔，办公室主任韩定远，总务组组长张汇川，第一处处长陈达，第二处处长王金科，第三处处长粱筱斋），此外他还兼任总长办公室主任（秘书长颜逍鹏，第一科科长张一为，第二科科长张家闲，第三科科长钱汉佐），至十一月将兼职移交钱卓沦后专任参谋次长。同年七月十三日，郭忤获颁二等云麾勋章。
十一月又当选国民大会的军队代表。一九四七年三月十四日获颁河图勋章。六月七日，郭忤调任联合勤务总司令部总司令。
联合勤务总司令部是国防部成立后的新设机构。在抗战时期，由于军政部负责的生产、储存和后方勤务司令部负责的分配、运输、补给多次之间多次产生矛盾，双方又利用职权互相攻击，经中美双方多次研究决定，为达成供应、补给业务自成一体的独立系统，以陆、海、空三军后方勤务统一办理为原则，将后方勤务司令部以及军政部所属的军需署、兵工署、军医署予以合并，改编成立联合勤务总司令部，隶属国防部，为陆、海、空三军联合后方勤务部门。该总部设总司令一、副总司令三、参谋长一。郭忤是联勤总部的第二任总司令，时任副总司令黄维、陈良、何世礼，参谋长赵桂森，副参谋长胡献昂。以周彭赏为办公厅（辖三科）主任，包钟敏为人事处长，鲍静安为外事处长，陈荫鸿为情报处长，潘茹刚为计划处长，陈简中为训练处长，高星垣为勤务处长，黄壮怀为补给处长，张科勋为物资处长（代），柳际明为工程署长，孙作人为财务署长，林可胜为军医署长，杨继曾为兵工署长，陈良为经理署长（兼），吴仲直为通信署长，鄱恩绥为运输署长。此外，联勤总部还辖有六个补给区、五个兵站总监部以及十二个供应局，以保证各重点区的作战供应。
郭忤到任时，已经成立有半年的联勤机构的积弊逐渐暴露出来，如前后方脱节，关系紧张：补给不及时，制度不健全：手续混乱，差错不断：监护力量弱，物资器材损失严重：部分主管克扣勒索，指挥不利。
因此，设法改善兵站业务是郭忤到任之后的首要解决问题。经过反复调查研究，郭忤于一九四七年六月正式实行兵站业务的改进办法，对前述积弊都有针对性的加以改革，取得了一定成效。接着郭忤又对健全联勤教育机构、完善后勤军官教育制度、加强联勤人事管理，以及对于联勤部队的分期调整、裁减员额等制度都有所改革。
一九四八年一月一日，政府酬其辛劳，特晋授一等宝鼎勋章。当陈诚前往东北指挥军事后，郭忤为扭转东北战局，又将工作重点全部转向东北，以保障东北国军各部的补给供应。一九四九年一月，国防部根据形势需要，命令联勤总部在上海、重庆、台湾设立指挥所，分别由副总司令张秉钧、何世礼、张知行兼任指挥所主任，而郭忤奉命在南京留守。