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怀仁见我露出不忍之色，便笑道：“那一场祸事，已然过去，本就是黑与白，是与非的争论，那杨光先，本是宵小鼠辈，蚍蜉撼树之举罢了，你看，我这不是好好的么？你…莫在心上…”
我见他反过来安慰我，知他说得简单，事实上的情况非常惨烈，这等于是一场无端的灭教运动，理由非常牵强可笑，那杨光先确实是宵小鼠辈，所谓的祖宗之法反智理论大行其道，在审理案件过程中，汤若望、杨光先两派人马多次在官庭上交锋，杨光先等从天文、历法、地理、宗教诸一方面对汤若望进行批驳，汤若望等也针锋相对地予以驳斥……但最后，汤若望以及杜如预、杨宏量、李祖白、宋可成、宋发、朱光显、刘有泰等钦天监官员被判处斩。后因天空出现彗星，京城又发生地震，太皇太后干预，改判汤若望、杜如预、杨宏量免死，但是李祖白等五人依然被斩。
汤若望辛辛苦苦建立的传教体系被破坏，彼时随着传教士人数的增加、活动范围的扩大，中原天主教信徒人数增长较快，1650年之后，信徒已达到15万人。
可是这一切便如摧枯拉朽般变化，极权思想专制体制在中国一日不除，愚民政策及反智主义便会大行其道。杨光先甚至称：“宁可使中国无好历法，不可使中国有西洋人”……1666年8月15日，汤若望逝于南堂。各省督抚奉旨拘押当地西方传教士30余人，除怀仁等教士留京，其他25人被押至广州圈禁。
……
见我沉默不语，怀仁道：“老师在狱中，也是吃尽了苦头，幸好有我在身边一直相陪，也算你我尽了一份孝心。”
我轻轻依偎在他身边，叹道：“我只愧疚我未使上半分力，让老师和你这样受罪。”
他与我轻轻拂去泪水：“你走时性命堪忧，在那边又一个人抚育孩儿……若过来，岂不是让我更加心痛？”
我听了此语，面对这一场浩劫，也知自己无可作为，过来便是给他添麻烦，轻抚他手，说道：“好在，这一切都过去了，老师若见你后来行事，在天之灵也会欣慰的。”
的确，当时汤若望年迈体衰，语言不清，每当受审时，都是怀仁陪他出庭，代他申辩。在监狱中，怀仁对老师也是关怀照顾备至，甚至放弃了自己可以出狱的机会，直到为他办理后事。
康熙帝亲政后，为汤若望案平反带来曙光，怀仁得到皇帝的信任，不失时机而又审慎地请求康熙让流放在广州的传教士们回归内地，同时，追究杨光先等僭越大权、假公济私诬陷、禁止宣扬天主教并驱逐传教士等问题。经王公大臣会同审议后，终于皇谕公布：天主教义教规曾被不公正地查禁，今查明并无违反国家利益庶民职守之道。为此，凡被逐教士可回原堂从事本职。1671年，再下谕旨为汤若望公开平反昭雪，恢复时宪历，恢复原赐荣衔，又拨巨款为其修建坟墓，御赐祭文一篇。
此过程中，怀仁的天文历算知识对冤案的平反，起了重要的作用，同时也取得皇帝信任，确立了自己在天文历算方面的威望。
正是：
虎踞龙盘今胜昔，
天翻地覆慨而慷。
天若有情天亦老，
人间正道是沧桑。