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非发酵菌指的是一群因缺乏糖酵解的酶类而只能在有氧环境中以有氧方式，而不能以厌氧或兼性厌氧方式进行代谢的需氧无芽孢的革兰阴性菌，多为条件致病菌。非发酵菌种类很多，与临床感染关系密切的有假单胞菌届、不动杆菌属、产碱杆菌属、黄杆菌属和莫拉菌属等。除了铜绿假单胞菌和其他几种极少见的菌种外，非发酵菌的毒力一般较低，主要引起体弱者或免疫力低下者的医院内感染。由于病情严重的患者在医院住院患者中的比例日益增高，特别是一些恶性肿瘤患者、多发伤、免疫抑制剂应用等患者，此外，各种医疗处置，如导管插入术、介入治疗、长期抗生素、激素治疗等日益普遍，均导致非发酵菌已成为多种感染性疾病的重要病原菌，特别是铜绿假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌、不动杆菌等对抗生素常表现为多重耐药，使临床治疗很困难。
绝大多数非发酵菌存在于自然界，尤其是医院内的各种环境，如空气、水房、自来水、污水、消毒液、雾化器、各种仪器、用具表面，包括体温计、拖把、毛巾、纱布等以及身体的某些潮湿部位，如腹股沟、腋窝等，甚至眼科的滴眼用药液。同时非发酵菌也是人体正常菌群的一部分，存在于人体的体表、口腔、咽喉、肠道、**以及与外界相通腔道的开口处，成为人类感染的潜在感染源，正常情况下与人体共生，一旦机体抵抗力下降或采用某些诊疗措施，均有可能造成机体感染。
1．直接检查：涂片染色镜检。该方法对非发酵菌的感染诊断帮助不大。
2．培养：标本接种血琼脂平板、肠道菌弱选择平板（如伊红美兰琼脂、麦康凯琼脂），选择可疑菌落接种克氏双糖铁培养基或三糖铁培养基，该科细菌营养要求不高，氧化酶阳性，不发酵葡萄糖，再经生化试验、鞭毛检查，最后鉴定到种。
3．药敏：按美国临床实验室标准化委员会(NCCLS)推荐，经美国FDA通过的假单胞菌抗生素体外药物敏感试验选择的抗生素分为4组：A组首选药物及常规试验报告的药物为头孢他啶、庆大霉素、美洛西林、替卡西林、哌拉西林；B组与A组平行做药敏试验，但应选择性报告的药为头孢吡肟、头孢哌酮、氨曲南、亚胺培南、阿米卡星、妥布霉素、环丙沙星；C组补充选择报告的抗生素为头孢噻肟或头孢曲松，氯霉素；D组或U组，作为补充，或仅用于尿路感染的抗生素为羧苄西林、头孢唑肟、四环素、诺氟沙星或氧氟沙星、磺胺甲唑（新诺明）。值得注意的是：在长期应用各种抗生素治疗过程中，铜绿假单胞菌可能发生耐药突变，因此，初代敏感的菌株在治疗3～4d以后，测试重复分离菌株的药敏试验是必要的。
假单胞菌属( Pseudomonas)
1．是医源性感染的常见菌，人类感染的非发酵菌中，假单胞菌属占70%~80%，以本属中的铜绿假单胞菌（俗称绿脓杆菌）最多见和致病力最强，是医院内感染最主要的病原菌之一。铜绿假单胞菌在自然界中分布广泛，加之多种传播途径和污染、致病因子多，因此易引起感染，其感染多发生于烧伤、囊性纤维化、急性白血病、器官移植患者以及年老体弱、免疫力差的患者，感染多位于潮湿部位，可引起伤口感染、烧伤后感染、败血症、肺部感染、尿路感染、化脓性中耳炎、眼部感染（可导致角膜穿孔）等各种化脓性感染以及婴儿腹泻等，还可通过血源性感染导致心内膜炎、脑膜炎、脑脓肿、骨和关节感染等，且大多数心内膜炎需手术置换瓣膜，否则感染难以清除。铜绿假单胞菌耐药性强，天然耐受第一二代头孢菌素、第一代喹诺酮类抗生素、复方新诺明，除产生多种β-内酰胺酶外，还与其外膜通透性低以及主动泵出机制等有关。铜绿假单胞菌还常在感染的部位形成生物膜(BF），具有更强的抗生素抗性(与浮游细菌相比，形成BF的细菌对抗生素的抗性可提高10~1000倍)。铜绿假单胞菌慢性感染的囊性纤维化患者的呼吸道分泌物中常可见一种异常的黏液样形态的铜绿假单胞菌，这是由于其产生的大量多糖（藻酸盐）包围菌体所致，而藻酸盐的产生导致诊断、治疗的困难。因此，临床上感染的铜绿假单胞菌常难以完全清除。
2．荧光假单胞菌和恶臭假单胞菌：可见于自然环境如水和土壤中，都可作为咽部的正常菌群存在，是人类少见的条件致病菌，毒性较低，其中荧光假单胞菌能在4℃生长，是血制品的常见污染菌。
3．洋葱伯克霍尔德菌：旧称洋葱假单胞菌。可从各种水源、潮湿表面及体温表等处分离到，能在某些消毒剂如铵盐、氯己定（洗必泰）等中生长。感染本菌的患者多为医院环境及用具被污染的结果，本菌作为条件致病菌，可引起心内膜炎、败血症、肺炎、伤口感染、脓肿和尿道感染等多种感染。在慢性肉芽肿和肺囊性纤维化的患者中常引起高死亡率和肺功能的全面下降。本菌对氨基糖苷类抗生素耐药，对复方新诺明多敏感。
4．嗜麦芽窄食单胞菌：也称嗜麦芽寡养单胞菌，旧称嗜麦芽假单胞菌、嗜麦芽黄杆菌等。分布广泛，可引起条件感染，是目前医院获得性感染的常见病原菌之一，可致多种疾病，包括肺炎、菌血症、．，心内膜炎、胆管炎、脑膜炎、尿路感染和严重的伤口感染等。本菌对临床常用的大多数抗生素天然耐药，包括碳青霉烯类的亚胺培南（泰能）、美洛培南等，但对复方新诺明几乎100%的敏感，因此，复方新诺明是临床治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染的首选抗生素，也可以根据药敏试验的结果选择氟喹诺酮类等。
5．鼻疽伯克霍尔德菌：鼻疽伯克霍尔德菌是鼻疽病的病原菌，对大型家畜传染性很强，可通过擦伤皮肤、直接接触和吸入本菌而感染，人类感染较少见，但经常与病畜接触的人，也可患鼻疽病。人与人之间接触亦可传染，实验室感染也可发生。人类鼻疽病可从血液、痰或脓汁中分离到鼻疽伯克霍尔德菌。
6．类鼻疽伯克霍尔德菌：类鼻疽伯克霍尔德菌可引起类鼻疽病，人类接触污染的土壤、水或通过破损的皮肤而感染，亦可通过呼吸道或消化道进人人体引发感染，罕见人与人间相互感染。类鼻疽伯克霍尔德菌可潜伏人体内几年不发病，这种隐性感染在多发地区很高，侵犯肺的肺型类鼻疽病症状较轻，且预后良好，败血性类鼻疽病如不及时治疗，则进展迅速，且死亡率很高。本菌可从发病地区的土壤和水中分离出来，也可从患者的痰、尿液、溃疡后的脓液和血液中分离到。
7．斯氏假单胞菌：广泛分布于自然环境中，土壤和水中到处可见，在肥料、粪便、污水及人的上呼吸道中均可发现，是机会致病菌，可引起抵抗力低下患者心内膜炎、结膜炎、伤口感染、败血症、关节炎、中耳炎及尿道炎等。
不动杆菌属(Acinetobaeter)
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本菌属广泛分布于外界环境，主要是水和土壤中。不动杆菌是人类和动物的皮肤、呼吸道、胃肠道、生殖道的正常菌群。本菌属是机会致病菌，在非发酵菌中出现的频率仅次于铜绿假单胞菌而占第二位。临床标本中常能分离到的不动杆菌属细菌有醋酸钙不动杆菌、洛菲不动杆菌、溶血不动杆菌、鲍曼不动杆菌，琼氏不动杆菌、约翰逊不动杆菌，最常见的是鲍曼不动杆菌。由于醋酸钙不动杆菌、溶血不动杆菌和鲍曼不动杆菌的表型试验不易区分，很多临床实验室将它们统称为“醋酸钙一鲍曼不动杆菌复合体”，对氨基青霉素类、第一代和第二代头孢菌素、第一代喹诺酮类抗生素均天然耐药，抗菌力最强的是二甲胺四环素。由于不动杆菌能获得多重耐药性（在医院感染病原菌耐药性的传递中发挥重要作用）和能够在大多数环境表面生存，所以，由不动杆菌引起的医院内感染近10年来明显增高，且多是多重耐药菌株。最常见的分离部位是呼吸道、尿道和伤口，所致的疾病包括肺炎、心内膜炎、脑膜炎、皮肤和伤口感染、腹膜炎、尿路感染等。亚胺培南对其仍保持较高的敏感率，但近年来，耐药率也已达10%左右。
产碱杆菌属(Alcaligenes)
通常是人和动物肠道的正常菌群，在皮肤和黏膜也能分离到本菌，水和土壤等潮湿环境中均有本届细菌的存在，是医院感染的病原菌之一，从医院环境中可分离到该菌。有临床意义的主要有粪产碱杆菌（最多）、木糖氧化产碱杆菌木糖氧化亚种（多见）和木糖氧化产碱杆菌脱销亚种（少见）。在很多临床标本中也可以分离到，为条件致病菌，引起抵抗力低下患者发生败血症，并可从患者呼吸道、尿液、血液、脑脊液中分离出来。
黄杆菌属(Flavobacterium)
最近黄杆菌属的菌种作了较大修订，原来临床常见的产吲哚黄杆菌、脑膜炎败血黄杆菌等归为一个新属——金色杆菌属(Chryseobacterium)，为环境菌群，在医院主要存在于有水的环境和潮湿表面，常污染医疗器械和材料，引起医源性感染。产吲哚金色杆菌是本属临床标本中最常分离到的菌株，但临床意义不确定；脑膜炎败血金色杆菌是本属与人类疾病最相关的菌种，可致新生儿及婴幼儿化脓性脑炎，死亡率较高。短黄杆菌则重新分类为短稳杆菌，临床意义不确定。对黄杆菌的感染临床经验用药可选磺胺及大环内酯类药，临床上常见的脑膜败血金色杆菌对广谱抗菌药（如氨基糖甙类、内酰胺类、四环素类、氯霉素）有耐药性，最好根据药敏结果选择用药。
奠拉菌属()
莫拉菌亚属，隶属于奈瑟菌科，与布兰汉亚属共同构成莫拉菌属。莫拉菌属是黏膜表面的正常菌群，致病力较低，通常位于呼吸道，较少位于生殖道。医学上重要的莫拉菌：腔隙莫拉菌能引起眼部和上呼吸道感染；非液化、奥斯陆、亚特兰大、苯丙酮酸莫拉菌偶尔可引起败血症、脑膜炎、肺炎、肺脓肿及泌尿道感染。大多数莫拉菌对青霉素敏感，临床分离株一般可不做药敏试验，但随着耐药菌株的日益增加，β-内酰胺酶检测还是很有必要的。