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药浴疗法的作用机理是以中医的整体医疗观念和辨证论治原则为基础，利用药物作用于全身肌表、局部、患处，并经吸收，循行经络血脉，内达脏腑，由表及里，因而产生效应。药浴洗浴，可起到疏通经络、活血化淤、驱风散寒、清热解毒、消肿止痛、调整阴阳、协调脏腑、通行气血、扶正祛邪、濡养全身等养生功效，使人体中失去平衡的脏腑得以重新调整和改善，从而促进身体功能的恢复，达到治病保健的目的。现代药理也证实，药浴后能提高血液中某些免疫球蛋白的含量，增强肌肤的弹性和活力。近些年来，人们对中药药浴外治机理也在不断地深入研究，认为药浴外治除药物直接进入血液循环而发挥其本身的药理作用外，还有调节各系统组织器官功能和机体免疫功能的作用。
1.浴疗的整体作用机理
药浴疗法的整体作用是指在身体某一特殊部位施以熏洗，利用药物透过孔窍、皮肤、腧穴等部位的直接吸收或局部刺激所引起的整体药理效应或全身调节作用。熏洗时药物能透过皮肤直接吸收，并进入血络经脉，输送至全身，以发挥其药效。
（1）皮肤的吸收作用：由于皮肤面积大，毛孔多，除有屏障作用外，尚有排泄和吸收等作用。研究发现：药物可透过皮肤黏膜、汗腺、毛囊、角质、细胞及其间隙等转运而吸收。熏洗时，湿润的药物增加水合作用和皮肤的通透性，能加速皮肤对药物的吸收。
（2）物理刺激作用：通过药浴熏洗刺激，可使皮肤温度升高，皮肤毛细血管扩张，促进血液及淋巴液的循环，改善周围组织营养，有利于血肿和水肿的消散。温热的刺激能促进网状内皮系统的吸收功能，增加新陈代谢作用。对霉菌、细菌感染性疾病，药浴熏洗也能直接达到抑制与杀灭病菌的作用。
（3）经络调节作用：人体是一个有机的统一整体，全身有十二经脉，内属于脏腑，外络于肢节，遍布全身，与体表皮肤、器官、四肢等紧密相连，同时又能行气血、利关节。因此，借助药物对皮肤的刺激，透过人体经络系统的调节而达到改善脏腑机能紊乱、治疗疾病的目的。
（4）脏腑输送作用：由于体表与脏腑是表里相通，经脉相连的，当不同的药物贴近皮肤，其药物的气味，由经脉进入脏腑，再通过脏腑的输送作用，分散到五脏六腑以及全身，因此达到治病防病的目的。
2.浴疗的局部作用机理
药浴疗法的局部作用是指中药对病灶局部发挥治疗和保健的作用。药浴疗法是将药物作用于人体局部组织，使局部组织内的药物浓度高于其他部位，促进血液循环，改善周围组织的营养，因而达到消炎消肿的目的。近年来的中医药理研究发现：用中药局部熏洗患处有良好的抗感染作用，且能促进细胞的增生分化与肉芽组织的增长，并能加快伤口的愈合。因此局部熏洗疗效明显，此外，透过药物作用于局部，可引起神经反射，激发人体自身调节作用，促使人体形成某些抗体，从而提高人体的免疫功能，达到调整脏腑机能、防病治病的目的。
药浴的局部作用，是指中药对病灶局部发挥的治疗和保健作用。中药药浴将药物作用于局部组织，可使局部组织内的药物浓度显著高于其他部位，故局部疗效明显。近年来的药理研究表明：黄连、黄芩黄柏、银花、板蓝根、大青叶等中药，均含有抗菌、抗病毒的化学成分，因此对局部有良好的抗感染作用。蛇床子、百部、苦参、土槿皮、山柰等中药，对皮肤真菌有杀灭或抑制作用，常被用于癣类、妇科霉菌性**炎等疾病的治疗。通过对祛腐生肌作用的研究发现，此类药物还可：1促进细胞增生分化和肉芽组织增长；2促进巨噬细胞吞噬细菌、异物和坏死组织碎片，提高局部抗感染能力；3改善创伤面血液循环，加快其新陈代谢，从而促进愈合。
此外，有些美容药物作用于面部皮肤后，一般通过皮肤局部吸收，达到疏通经络、运行气血、除去污秽、洁净皮肤、滋润皮肤、除皱增白、祛除外邪、防御外邪侵袭的目的。