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陆军整编完，接下来就是海军了，朱慈炅对海军的建设历来都相当的重视，因为这个时代是大航海时代，陆上力量再强都是假的，列强只要控制了海洋，到处开拓殖民地，搜刮财富，就算是用银子砸，也能把你砸趴下！
可以说海上争霸才是这个时代的主题，但是大明由于倭寇肆虐的原因实行了一百多年海禁，海军实力急剧萎缩，到朱慈炅接手的时候，大明水师连明初都不如，更别说两百多年前郑和下西洋那段海军巅峰时期了。
好在大明海军力量虽然薄弱，但是造船的底子还在，火炮技术跟上来以后建造超级战列舰压根就不是问题，经过这几年的发展，大明海军的力量成爆发式增长，已经拥有超级战列舰一百艘，福船战舰一千多艘，各式小型战船将近三千艘，更有巨无霸级的宝船巨舰三艘，可以说已经具备了与列强海上争霸的实力。
而且，在朱慈炅的主持下，大明造船行业也得到飞速发展，东大营的造船厂已经达到年产一百艘超级战列舰和五艘宝船巨舰的能力，而现在正是年底，今年的一百艘超级战列舰和五艘宝船巨舰马上就要交付了，正是整编海军的大好时机。
在朱慈炅的规划中，海军军团同样分为三等，但现在就光有南洋水师和北洋水师两个一等军团，二等军团和三等军团都是空白，不过三十万新招的水军经过两年多的操练倒是基本能操作战舰了，所以朱慈炅决定将其整编为三个三等军团，而且他还准备再组建一个海军预备军团，至于主将就只能在南洋水师和北洋水师里面提拔了，经过一段时间的深思熟虑之后，大明海军的整编计划终于出炉了。
首先，将新生产的一百艘超级战列舰全部装备给南洋水师和北洋水师，这样两个水师都拥有了一百艘超级战列舰，组成了纯战列舰的超级舰队，至于淘汰下来的福船战舰则用来组建三等军团，名字朱慈炅也想好了，分别是北海舰队、东海舰队和南海舰队，新生产的五艘超级战列舰则配给五个舰队司令作为旗舰，另外再招十万新兵作为预备军团，驻扎在南大营操练，具体人员和装备配置如下：
一等军团北洋水师，司令正一品五星上将黄龙，炮兵五万，水兵五万，装备宝船巨舰一艘，超级战列舰一百艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备转轮步枪一把，手雷五颗。
一等军团南洋水师，司令正一品五星上将郑芝虎，炮兵五万，水兵五万，装备宝船巨舰一艘，超级战列舰一百艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备转轮步枪一把，手雷五颗。
三等军团北海舰队，司令正三品一星上将杨耿，炮兵一万，水兵九万，装备宝船巨舰一艘，福船战舰五百艘，其他各类小型战船一千艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备二四式燧发枪一把，手雷五颗。
三等军团东海舰队，司令正三品一星上将陈晖，炮兵一万，水兵九万，装备宝船巨舰一艘，福船战舰五百艘，其他各类小型战船一千艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备二四式燧发枪一把，手雷五颗。
三等军团南海舰队，司令正三品一星上将郑兴，炮兵一万，水兵九万，装备宝船巨舰一艘，福船战舰五百艘，其他各类小型战船一千艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备二四式燧发枪一把，手雷五颗。
水师预备军团，司令正三品一星上将郑明，炮兵五万，水兵五万，驻扎在南大营水师基地训练火枪、火炮和战舰的操作并负责东南防线所有棱堡和炮台的驻防，至于装备，火枪只能让他们用北洋水师和南洋水师淘汰下来的二四式燧发枪了，火炮也只能用棱堡和炮台上的火炮了，战舰那就只能看五大军团整编之后还剩下多少了！
经过整编之后，大明的水师将显露出无敌海军的雏形，当然，离真正的无敌还有一定的差距，依大明水师整编后的整体实力也就与现在的荷兰海军大致相当，甚至还差那么一点点。
当然，这是在不算殖民扩张的情况下，如果大明开始殖民扩张，就必须派驻舰队驻守殖民地，到那个时候，战舰分散于世界各地，这点战舰有也相当于没有，因为依现在这航行速度，派出去的舰队半年能回来就算不错了，如果发生什么战斗，根本就指望不上。
大航海时代就存在这样一个致命的问题，你要不去开拓殖民地那就只能呆在家里看着人家抢钱，看着人家壮大，最后必定会将你踩在脚下，你要是去开拓殖民地，到处都要战舰驻守，战舰数量好像永远都不够！
这个问题在风帆动力时期好像是个怎么都解决不了的绝症，要知道荷兰鼎盛时期可有各类远洋舰船一万五千多艘，数量是世界上其他国家所有舰船总数的三倍，就这他们还是被英法打败了！
当然，大明与荷兰不一样，因为荷兰还有另外一个致命的缺陷，那就是他们人口数量太少了，荷兰现在的造船能力应该是远超大明的，因为他们1588年才独立，到现在才不到五十年时间就造出了一万多艘能远洋航行的大船，这证明他们每年最少能造出两百多艘大船，那他们得超级战列舰为什么这么少呢？
主要原因还是因为他们人太少，那个时候荷兰整个国家总共才一百多万人，如果一万多艘都是超级战列舰，那将是什么情况，一艘超级战列舰可有一百多门大炮，光是炮兵就需要三四百人，其他维持帆船航行的起码还需要一百来人，这样算下来，荷兰将举国上下所有人全部搬到超级战列舰上都没用！所以他们只能维持两三百艘超级战列舰的数量，再多，造出来也没人操控。
当然，大明是不存在这个问题的，就依大明现在的海军数量，操控一千艘超级战列舰都绰绰有余，现在只是个时间问题，大明需要时间积累战舰数量，只要给大明十年时间，海军无敌那也不是不可能的！